Năm mươi năm trước, những sinh vật bí ẩn được mệnh danh là "Khổng lồ" bất ngờ xuất hiện trên khắp thế giới, gây ra mối đe dọa hiện hữu cho nhân loại. Để chống lại những mối đe dọa này, những người lính trong hình dạng những cô gái tuổi teen được gọi là "Lilies" sử dụng năng lượng "Magie" trong cơ thể họ để cung cấp năng lượng cho vũ khí được gọi là "Counter Huge ARMS" hoặc "CHARMS". Sau khi được Lily cứu hai năm trước khi sơ tán khỏi một cuộc tấn công lớn, Riri Hitotsuyanagi đã thề sẽ tự mình trở thành Lily. Cô đăng ký vào học viện danh tiếng của Yurigaoka, nơi đào tạo Lily, và phát hiện ra rằng một trong những người bạn cùng lớp của cô là Yuyu Shirai—chính Lily đã cứu cô. Tuy nhiên, khiến cô bối rối, người mà cô cho là vui vẻ hóa ra lại khá phản xã hội và thích chiến đấu một mình. Dù vậy, Riri vẫn mong muốn được hòa hợp với Yuyu và sẵn sàng làm bất cứ điều gì có thể để đạt được mục tiêu đó. Với Yuyu và các Lily khác ở bên cạnh, hành trình trở thành một trong số họ của Riri vừa nở rộ!